众所周知，钱币都有防伪标识，否则会造成假币充斥市场的局面，防伪是钱币铸造中必不可少的环节，如今，成为收藏品的袁大头自然也不例外，同样有防伪措施。
袁大头银币上的暗记是制版者在币面某一部位设置隐藏的秘密标记，为了防伪，袁大头的版别也变得特别多，有些这些暗记既是防伪标志，也是钱币版本的标志。
在袁大头银币设置暗记主要有两个功能：第一就是防伪。这是设置暗记的主要目的，也是暗记的主要功能。暗记之所以能起到防伪作用，是因为暗记一般藏于币面图案、花纹或文字中，很难被人发现，因此，伪造者难以伪造暗记。另外一个作用就是区分版模。这也是暗记的一个重要功能。银币在最初制版过程中，所设置的暗记称为原版暗记。当币版多次再版时，为区别版模和承担责任而改变原版暗记或在原版暗记基础上增加新的暗记称为再版暗记。这样，就可以通过暗记的不同区分版模，进而区分承制责任。例如：解放后铸造的“三角圆”银币的“壹”字上设图形暗记区分责任。
袁大头银币上有暗记有多种设置形式，按其形态不同可分为英文字母暗记、图形暗记、点珠暗记、内齿暗记和弯芒暗记等。不少袁大头银币上均同时采用上述几种暗记形式。
英文字母暗记：即用单个英文字母作暗记。如大“S”版在背面左飘带头内侧有英文字母“S”、小“S”版在背面左中部的禾粒上有英文字母“S”、“O”版在背面花结内有英文字母“O”。
图形暗记：即在汉字上采用某种图形作暗记。例如：一些“三角圆”银币的“壹”字上设有剪形、角形、方形等缺口图形。
点珠暗记：即在嘉禾的谷粒中、谷粒尖或小内齿上作点球暗记。例如：连口造含珠系列谷粒中有平行双含珠、上下双含珠、右含珠等;下内齿上 有1、2、3、5、6、7、8顶珠(星);谷粒尖上有1、2珠。另外，一些版别在嘉禾的枝叶旁有点珠。
内齿暗记：即用增加或减少内齿的办法巧妙地制作暗记。例如：3、9、10年中央版正面袁像胸下缺1小内齿;3年福建、大扣、云南、甘肃等地方版正面满内齿;8年中央版正面满内齿，9年精发版背面9点处缺1小内齿，“四川”空心花三角圆背面11点处缺1小内齿等。另外，正常的3、8、9、10年背面约9点处为一特大内齿暗记。
弯芒暗记：即将背面谷粒的短芒改刻成长弯芒或短勾芒。例如：点提华、0版、0版无0、0版三角圆、沈阳三角圆、沈阳三角圆0版、混版三角圆、混版三角圆0版等背面谷粒上基本都有长弯芒暗记，点提华中还有右勾芒、左右勾芒等暗记。此外，还有8年左勾芒、10年左勾芒等暗记。
从前袁大头的暗记主要作用是防伪和区分版别，现如今，进入收藏领域之后，暗记就成为了另外一个作用：不同的暗记，价值也有所不同。
据悉，民国三年一圆“袁大头”银币根据版本的不同，价格也有高低之分。例如，“签字版”的价格至高。此币由当时的天津造币厂试铸样币，并未流通。该币在袁像右侧刻有一 竖行字母“L.GioRGi”，是来华的意大利籍铸币专家鲁尔治·乔治的签名缩写。
除了民国三年发行的“袁大头”，民国八年发行“袁大头”一圆银币也是很好的品种。它的价格比民国三年发行的高出近30%。业内人士分析，这缘于当时其较少的发行量与当前更为稀少的存世量。
